Terdapat bermacam-macam sistem dalam penulisan notasi untuk menyusun karya tulis ilmiah. Sistem yang dikenal di kalangan masyarakat ilmiah antara lain adalah system University of Chicago Press, Sistem Harvard, Sistem American Psychological Assosation (APA), Sistem American Antropoloist, Sistem Harcouver, dan sistem Gabungan (misalnya Sistem Harvard dengan sistem huruf)-Keseluruhan sistem tersebut pada hakikatnya dapat dikelompokkan menjadi tiga golongan yakni, pertama, sistem yang mempergunakan catatan kaki (umpamanya Sistem University of Chicago press), kedua, sistem yang tidak menggunakan catatan kaki (umpamanya sistem yang menggabungkan kedua sistem yang pertama).
Sistem yang menggunakan catatan kaki menaruh sumber rujukan yang berupa nama pengarang, judul, penerbit, tahun penerbitan, dan halaman yang dirujuk, dibagian bawah dari halaman tulisan. Dari sinilah dikembangkan terminology footnote atau catatan kaki disebabkan letak rujukan yang diletakan pada bagian bawah atau kaki dari tulisan. Walaupun demikian, terdapat juga sistem yang menggunakan catatan kaki, namun meletakkan daftar rujukannya tidak di halaman yang sama, melainkan di belakang setelah seluruh karya tulis selesai. Hal ini sering dilakukan untuk memudahkan pengetikan. Sebenarnya, meletakkan daftar rujukan di belakang ini bertentangan dengan tujuan yang ingin dicapai oleh sistem catatan kaki, yakni pembaca dengan cepat menemukan sumber rujukan yang digunakan dalam karya tulis. Seorang pembaca, yang meresensi sebuah buku untuk menemukan sumber rujukan, menulis bahwa "catatan kaki yang ditaruh di belakang (menjadi catatan belakang), malah mempersulit pembaca untuk merekam kutipan-kutipan para analis". Selanjutnya, ia menyarankan bahwa dalam penerbitan selanjutnya hal ini "dibenahi
Contoh di atas dikemukakan untuk menunjukkan bahwa setiap sistem notasi ilmiah mempunyai kelebihan dan kekurangan masing-masing. Jadi, dalam memilih sistem notasi ilmiah, kita harus mempertimbangkan kelebihan dan kekurangan tersebut vis-a-vis tujuan penulisan karya tulis kita. Kelebihan sistem catatan kaki, di samping dengan mudah menemukan sumber rujukan pada halaman yang sama, juga memungkinkan kita untuk menambahkan keterangan tambahan untuk tubuh tulisan yang ditaruh dalam catatan kaki. Keterangan tambahan ini, baik yang berupa penjelasan maupun analis, akan "memperluas" dan "memperdalam" materi karya tulis. Hal ini tidak ditaruh dalam tubuh tulisan sebab akan menggangu kelancaran penulisan.
Disebabkan hal inilah maka sistem catatan kaki sangat ideal untuk penulisan karya tulis ilmiah yang membutuhkan kedalaman dan keluasan materi tulisan seperti skripsi, tesis, disertasi, atau laporan penelitian lainnya. Sebaiknya, terdapat pula tulisan yang relative tidak sedalam dan seluas karya tulis tersebut seperti artikel ilmiah yang dipublikasikan dalam jurnal atau majalah. Untuk tulisan semacam ini maka teknik notasi yang ideal adalah sistem tanpa catatan kaki.
Sistem tanpa catatan kaki, sesuai dengan namanya, meletakkan daftar pernyataan yang tercantum tulisan. Artinya dalam pernyataan yang tercantum dalam tubuh tulisan sudah terangkum di dalamnya sumber rujukan. Hal ini sangat memudahkan penulisan, termasuk mereka yang membaca tulisan tersebut, terutama bila dikaitkan dengan diskripsi perkembangan keilmuan (the state of the art) atau analisis perbandingan dengan karya ilmiah lainnya. Kelemahannya ialah bahwa keterangan tambahan yang bersifat memperluas dan memperdalam tulisan tidak dapat diberikan.
Untuk mengatasi kekurangan itu maka sering digabungkan antara sistem tanpa catatan kaki dengan sistem catatan kaki. Artinya, sumber rujukan mempergunakan sistem tanpa catatan kaki, sedangkan keterangan tambahan mempergunakan sistem catatan kaki. Penelitian akadeik seperti skripsi, tesis, dan disertasi, sering mempergunakan sistem gabungan ini.
Semua peneliti harus menguasai ketigia sistem penulisan ini dengan berbagai variasinya, Baik sistem catatan kaki, maupun sistemtanpa catatan kaki, tidak terdiri dari satu teknik notasi ilmiah yang sama, melainkan berkembang menjadi beragam teknik penulisan. Pengiriman artikel ke jurnal tertentu membutuhkan persyaratan penulisan tertentu pula. Sebagaimana telah disinggung terdahulu, penulisan Sistem American Psychological Association berbeda dengan Sistem American Anthropologist. Perbedaan ini tidak akan terlalu dibesar-besarkan, yang penting ialah bahwa kita mengenal berbagai sistem yang berlaku dalam masyarakat ilmiah.
